Bekanntes Problem, welches sich mehrere Anwendungen annehmen – z.B. die Kostenlose Freeware „Desktop OK“.
Download hier: http://www.heise.de/download/desktop-ok-1183636.html
Weitere infos hier: http://www.pcwelt.de/tipps/Positionen-von-Desktop-Icons-speichern-7387587.html
Erklärung: Beim beenden speichert der Explorer die Position der Icons, sollte er nun zu schnell runterfahren oder gar sich aufhängen, wird die Position der Icons nicht gespeichert und Windows kann die Position beim nächsten Start nicht wiederherstellen.